La estructura en forma de trébol que lo forma se compone de tres "exedras" (aberturas en la pared interna, de planta semicircular, con asientos y respaldos fijos en la parte interior de la curva) cubiertas con bóvedas de horno, articuladas con molduras y pilastrones de capitel enrollado por donde caen medallones, bellas guirnaldas, rocallas y palmas que envuelven todo el espacio integrando los motivos iconográficos, y disponiendo los retablos en el cuerpo inferior.

        El Altar, dedicado en 1971, es la respuesta al nuevo concepto nacido del Concilio Vaticano II en referencia a la posición “novus ordo” de la celebración eucarística. Está formado por una losa, de mármol rojo, de una pieza natural, íntegra y no quebradiza, sostenida por ocho columnas cilíndricas, del mismo material, a modo de altar o mesa. La losa mide 3 por 1 metros, y está dispuesta a una altura de 1,10 metros.

        Separado del crucero por una escalinatas y cercado por una barandilla tiene su continuidad entre la última grada y el crucero en forma de comulgatorio. Posee Altar Mayor tallado por Pérez Hidalgo que sustituye al anterior Retablo del siglo XVIII. El presbiterio constituye una catequesis sacramental completa.

        En la Capilla Mayor encontramos presidiendo un lienzo de la Trinidad. El resto de pinturas complementan el programa angélico, puesto que encontramos pinturas del resto de los arcángeles.

        El arco de un camarín, al que se adapta el retablo, rompe el entablamento. Tiene planta circular con cuatro pilastras compuestas con frutas colgantes entre las que se trazan arcos de medio punto cobijando ventanas sesgadas en los laterales mientras que en el central un rico marco presidido por querubines se dispone, entre jarrones de lirios, sobre un ara decorada con guirnaldas, rocallas y veneras imprimiendo equilibrio y delicadeza. Se cubre con bóveda semiesférica con cuatro nervios en los que las rocallas cobijan óculos en dos de ellos y los símbolos marianos




        Actualmente alberga en el camarín las imágenes de los Santos Mártires Ciriaco y Paula, obras de calidad del siglo XVII realizadas por el escultor Jerónimo Gómez de Hermosilla, procedentes del antiguo tabernáculo de la Catedral.

        El Retablo es obra neobarroca de Pérez Hidalgo, coronado con el gran escudo real de Carlos III.

        El tabernáculo desapareció en los desgraciados sucesos de los años 1931-36, cuando fueron incendiados conventos e iglesias de toda España. En la actualidad, formando parte del Retablo Mayor, se encuentra la Reserva del Santísimo, un Sagrario labrado de plata fijado a la base del antiguo altar. Está fechado en su interior en octubre de 1961. El Sagrario, en estilo barroco, esta coronado por un crucificado de marfil.

        Los retablos laterales, también de Pérez Hidalgo, reproducen los antiguos, formados por pilastras a las que se anteponen hornacinas de madera con adornados remates del siglo XVIII, en los que se colocaron esculturas, hoy modernas.

        Estos elementos marcan la unión con los brazos del crucero, que con su disposición absidial, se configuran como capillas.