La antigua Capilla del Baptisterio se encontraba entre las dos puertas de entrada a la iglesia en el lado del Evangelio, sin la existencia, ubicada posteriormente, de la capilla bautismal. En el siglo XVIII esta capilla de Santa Bárbara, pasó a manos de la familia Prado. A mediados de siglo fue cedida por la familia Prado-Natera en ese momento poseedora de la capilla-entierro y del altar de San Andrés que la ocupaba, siendo destinada a las Santas Justa y Rufina, patronas del Gremio de Alfareros, para el culto y veneración de estos santos (por esta época era ya también capilla bautismal).

        Después y hasta el año 2012 esta capilla ha acogido en su hornacina central una talla de Santa Gema Galgani. En la actualidad, y tras cambios de ubicación en la iglesia, la capilla se encuentra en obras de adaptación para acoger a las imágenes de la Real y Muy Ilustre Hermandad de la Sagrada Cena Sacramental de Nuestro Señor Jesucristo y María Santísima de la Paz, un conjunto de 14 imágenes realizadas por el Luis Álvarez Duarte en 1970: Jesús de la Sagrada Cena, María Santísima de la Paz y el conjunto de los doce apóstoles, recrean el cenáculo del Jueves Santo.

        La antigua Capilla de Nuestra Señora de los Dolores y Angustias era, a mediados del siglo XVII, lugar de enterramiento de los García de Carranque, familia proveniente de la ciudad de Toro, cuyo escudo nobiliario forma parte del arco fajón de la capilla, y que más tarde emparentó con los Vela López del Castillo, marquesado de Yebra.

        Esta capilla, convertida, así, en sepultura y enterramiento de los marqueses de Yebra, pasó en 1768, junto a una talla de Nuestra Señora de los Dolores, también propia del marqués de Yebra, a propiedad de la Fervorosa Hermandad de Nuestra Señora de los Dolores y Angustias para que fuera puesta en el camarín y recibiera culto de los fieles. La talla de la Virgen de los Dolores, que recibía culto en la capilla probablemente fuese una escultura de Pedro de Mena, y tenía a sus pies, en la peana, dos angelitos, de talla, que lloran, y que aún se conservan.

        En 1830 la hermandad cedió el derecho de portar su estandarte a Don Diego Ponce de León y a sus sucesores a cambio de que costeasen los cultos principales (la asistencia de la capilla musical de la catedral el Viernes de Dolores durante su estación de penitencia).
        A finales del siglo XIX la hermandad parece que había desaparecido pero seguía recibiendo culto muy fervoroso, pero bajo la advocación de Virgen de las Lágrimas.

        La imagen actual de la Virgen de las Lágrimas (la de Mena desapareció en la quema de iglesias de 1931) es una obra del siglo XIX atribuida a Salvador Gutiérrez de León. La propiedad de la imagen recae en la Parroquia y se encuentra actualmente ubicada en una hornacina a los pies de la Virgen del Carmen en la capilla homónima.

        En 1966 la Real Hermandad de Nuestro Padre Jesús del Santo Sepulcro y Nuestra Señora de la Soledad se traslada, por intervención del entonces párroco Ilmo. y Rvdmo. Mons. Rafael Jiménez Cárdenas, Prelado Doméstico de S. Santidad, a la capilla, que hasta entonces y desde los desastres del 31 había sido utilizada como lugar de almacén de sillas y trastos. Muy modificada en la actualidad posee cubierta con bóveda oval sobre pechinas y un lienzo representando la Trinidad, obra de Luis Bono (década de 1980), teniendo en su lado izquierdo, que coincide con el pequeño atrio de la puerta lateral, una vidriera realizada en Madrid en los años 60 del siglo XX.

        Ocupa la parte central la imagen de Jesús del Santo Sepulcro realizada por el artista granadino Nicolás Prados López (1940), y la Mesa Sepulcral, que diseñó el pintor Moreno Carbonero, es obra de gran riqueza de los talleres del Padre Granda, en Madrid. La Virgen, imagen de vestir situada en la hornacina frontal, es Nuestra Señora de la Soledad, obra del escultor malagueño José Merino Román (1932).



        Las imágenes del Santísimo Cristo de la Agonía de Limpias y Nuestra Señora de los Dolores no forman parte de ninguna asociación parroquial pero ambas imágenes reciben culto conjuntamente en una capilla-retablo de pared en la nave del Evangelio.
        Aunque hay dudas sobre la autoría del crucificado, si es talla seriada o no, ello no impide que sean tallas de gran belleza y merezcan una gran devoción ente los fieles, apreciable por el gran número de exvotos que le circunda.
        La talla de la Virgen, anónima del s. XVIII, hunde sus raíces en el amor que los malagueños tienen por la Madre de Jesús, la cercanía a los fieles, al encontrarse al alcance de sus miradas, le hace recibir gran amor y devoción.

        La antigua Capilla de la Encarnación es la más antigua de los Mártires y data del año 1530. Fue fundada por el que fuera regidor de la ciudad, mediante testamento, D. Rodrigo Álvarez de Madrid. En el lateral existe una placa que dice:

            “Esta capilla mandó hazer el Señor Rodrigo Alvarez de Madrid, regidor desta ciudad s acabose de IVDXVIII. Fallescio a XIX de noviembre de IVDXXX, dotola en su testamento ante Montero escribano público”.

        La capilla está cubierta con bóveda oval y conserva el pavimento original del siglo XVIII, con mármoles en forma de círculos; sin embargo el retablo es actual en madera tallada y dorada, obra del escultor malagueño Pérez Hidalgo. Hasta hace poco tiempo mantuvo un pequeño comulgatorio circular que rodeaba el altar de pared y que ha sido reubicado en otra de las capillas del templo.
        En 1728 la Cofradía del Santísimo ya se había trasladado a esta capilla y procedía a la venta de la anterior a la familia Natera para finalizar las obras en esta otra. En el arco se encuentra el escudo de armas de la familia Bracamonte–Villalón, emparentada en línea directa con el fundador de la capilla, que tuvo enterramiento propio en la bóveda. Posiblemente desde 1707 esta familia, de origen francés, poseería enterramiento propio en la capilla. Precisamente en 1777, las hermanas Mariana y Ana Villalón, conocidas en Málaga como las “Villalonas”, se encargarían de reparar la iglesia, después de los daños sufridos en los terremotos de 1680 y 1755.
        A mediados del s. XIX la Archicofradía del Inmaculado Corazón de María se hizo cargo de la capilla teniendo gran devoción y número de fieles hasta que languideció a finales del siglo pasado.


        Durante varios años, desde su traslado a esta Iglesia Parroquial de la Cofradia de la Cena y Maria Santisima de la Paz en el año 2009, esta cofradía ha ocupado la capilla si bien ahora (fines de 2012) se está procediendo a la adapación de la capilla situada junto a la de la Archicofradía de la Pasión para esteblecerse alli.

        En la actualidad esta capilla acoje a varias imágenes con gran devoción en la parroquia: en la parte frontal, desde lo alto del camarín, una imagen de Nuestra Señora del Inmaculado Corazón, que antaño, en torno a ella, existió como Archicofradía en el templo. Fundada por San Antonio María Claret en su visita a la parroquia el 17 de enero de 1851, parece haber datos fehacientes de su instalación en la misma el 22 de mayo del año 1849, bajo el nombre de Archicofradía del Santísimo e Inmaculado corazón de María. La Virgen es obra seriada de las fábricas gerundenses de Olot; a su izquierda una talla de Santa Gema Galgani que junto con la anterior, antes presidía la actual capilla en restauración de la Cofradía de la Cena. Esta imagen de la Santa, que posee en la ciudad un alto grado de veneración, de por sí muy extendida en la feligresía, es también talla seriada de los talleres de Olot. A la izquierda de Santa Gema se situa, ya en el lateral de la capilla, la Imagen de Santa Lucia, patrona de los ciegos, procede de la fábrica “el Arte Cristiano” de Olot (Gerona, España). Celebra besapies en su festividad: el día 13 de diciembre.